Sortie de l’École de la rue Blanche en 1989, Anne Bourgeois débute en coécrivant et en mettant en scène les succès musicaux de la Troupe du Phénix, puis en mettant en scène de nombreux textes d’auteurs contemporains servis par des acteurs prestigieux parmi lesquels : Les Voeux du Cœur de Bill C. Davis avec Davy Sardou, Bruno Madinier, Des gens bien avec Miou-Miou ; Les lois de la gravité de Jean Teulé, avec Dominique Pinon, Mur de Amanda Sthers avec Rufus et Nicole Calfan, Les Diablogues de Roland Dubillard avec Jacques Gamblin et François Morel, puis avec Michel Galabru et Martin et Lamotte ; Tout est normal mon cœur scintille de et avec Jacques Gamblin ; Cochons d’Inde de Sébastien Thiéry avec Patrick Chesnais, Josiane Stoléru et Sébastien Thiéry (Molières du Meilleur spectacle comique et du comédien) ; Monsieur Ibrahim et les Fleurs du Coran de Eric-Emmanuel Schmitt avec Francis Lalanne ou l’auteur ; Sur la Route de Madison avec Alain Delon et Mireille Darc.
Plus récemment, elle a mis en scène Représailles d’Eric Assous, avec Michel Sardou et Marie-Anne Chazel ; Une Famille modèle d’Ivan Calbérac, avec Patrick Chesnais et Evelyne Buyle ; Les Cavaliers d’après Joseph Kessel, qu’elle a co-mis en scène avec Eric Bouvron, Molières 2016 du meilleur spectacle. Anne Bourgeois dirige également des séances de jeu sur le travail du clown utilisé comme outil de recherche pour l’acteur.