Emmanuel Coquery est notamment docteur en histoire de l’Art (2004). Conservateur chargé des collections anciennes au musée des Beaux-Arts de Nantes de 1995 à 1997, il a ensuite rejoint le musée du Louvre où il a intégré le département des Objets d’art (de 1997 à 2004). Pensionnaire à la Villa Médicis (1998-1999), spécialiste du XVIIe siècle, auteur de nombreuses publications scientifiques, il a assuré le commissariat de différentes expositions, comme il a parallèlement enseigné en tant que professeur à l’Ecole du Louvre.
De 2004 à 2007, il a créé et pris la direction des musées de Troyes, et plus particulièrement celle du musée d’Art moderne, puis, de 2007 à 2011, a intégré l’Agence France-Muséums, chargée du Louvre Abou Dhabi, en qualité de directeur scientifique adjoint, chargé des peintures et dessins XVe - XXe siècles.
A compter de 2011, il a poursuivi sa carrière dans le secteur privé en rejoignant la maison CHANEL comme directeur du Patrimoine.
Emmanuel Coquery a été nommé directeur scientifique de la Réunion des musées nationaux-Grand Palais en mai 2017. A ce titre, il est en charge de la programmation et de la production des expositions du Grand Palais et du musée du Luxembourg.